科研級倒置熒光顯微鏡的基本結構是由一般光學顯微鏡加上一些附件(如熒光光源、激起濾片、雙色束分離器和阻斷濾片等)的基礎上組成的。熒光光源——般選用超高壓汞燈(50一200W)，它可宣布各種波長的光，但每種熒光物質都有一個產生z強熒光的激起光波長，所以需加用激起濾片(一般有紫外、紫色、藍色和綠色激起濾片)，僅使一定波長的激起光透過照射到標本上，而將其他光都吸收掉。每種物質被激起光照射后，在極短時間內發射出較照射波長更長的可見熒光。熒光具有專一性，一般都比激起光弱，為能觀察到專一的熒光，在物鏡后邊需加阻斷(或限制)濾光片。它的作用有二：一是吸收和阻擋激起光進入目鏡、以免于擾熒光和損害眼睛，二是挑選并讓特異的熒光透過，表現出專一的熒光顏色。兩種濾光片必須挑選配合運用。

 

　　科研級倒置熒光顯微鏡和一般顯微鏡有以下的差異：
 

　　1、照明方法通常為落射式，即光源經過物鏡投射于樣品上;
 

　　2、光源為紫外光，波長較短，分辨力高于一般顯微鏡;
 

　　3、有兩個特別的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人眼。
 

　　科研級倒置熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，首要的差異是二者的激起波長不同。由此決議了熒光顯微鏡與一般光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。